Conforme orientado pelo Anexo II da Instrução Normativa nº 26/2011 do Tribunal de Contas do Estado do Maranhão, deve compor a prestação de contas anual de gestão do Tribunal de Justiça do Estado do Maranhão o "Relatório do sistema de controle interno do Poder em que se avalia a regularidade da realização da receita e da despesa, a execução do orçamento e dos programas de trabalho e o cumprimento das metas previstas no plano plurianual e na lei de diretrizes orçamentárias."
Seguem abaixo os Relatórios do Sistema de Controle Interno apresentados nas Prestações de Contas dos 3 (três) últimos exercícios.