O ciclo de aplicação do plano foi estruturado de forma metodológica e democrática:
Etapa 1: Formulação e Diálogo (2024): Realização de consultas e audiências públicas em todo o país para coletar dados e sugestões da comunidade.
Etapa 2: Regionalização (Maio a Agosto de 2025): Período reservado para os estados instituírem seus comitês e criarem seus respectivos planos locais.
Etapa 3: Execução e Mutirões (2025-2027): Fase ativa de cumprimento das metas e de realização dos Mutirões Processuais Penais e de Habitabilidade promovidos pelo CNJ.
Etapa 4: Monitoramento: Envio de relatórios semestrais de progresso técnico e financeiro ao STF.